Annuaire > Agogué Hélène, CR1

Chercheur CNRS, CR1
Section de Recherche CNRS : section 30 (Surface continentale et interfaces)
Institut référent : INEE

Mots clés : Bacteria, Archaea, structure, diversité fonctionnelle, cycle biogéochimiques

Thèmes de Recherche.
Rôle des communautés bactériennes et archéennes dans les cycles biogéochimiques des écosystèmes littoraux
Acteurs invisibles mais essentiels des cycles bio-géochimiques, les microorganismes ont un impact considérable sur l’environnement, la santé et l’économie. Les microorganismes représentent en effet la plus grande partie de la diversité du monde vivant, et, seule la connaissance des relations entre changements environnementaux et changements de la diversité des communautés procaryotes peut permettre la maîtrise des processus microbiens qui gouvernent le fonctionnement et la pérennité de notre environnement.

L’ensemble géographique des Pertuis Charentais, qui servira de zone d’étude principale et de référence à ce projet, est une série d’écosystèmes interconnectés formant la transition bassins versants/océan. Ces milieux sont le siège d’une forte productivité biologique et sont généralement exploités par la pêche et la conchyliculture (le Pertuis charentais est le 1er site conchylicole de France).
Les microorganismes, qui constituent le premier maillon de la chaîne trophique, dans ces écosystèmes ont un rôle majeur dans le fonctionnement de ce milieu. Il est donc indispensable d’étudier plus en détail ces communautés afin d’identifier leurs rôles et leurs contributions dans le fonctionnement de la totalité de l’écosystème.

Les données et les connaissances acquises au cours de projet permettront de décrypter cette « boite noire » et la relier aux autres compartiments biologiques du réseau trophique. Ce projet de recherche contribuera à répondre à des questions environnementales, aujourd’hui considérées comme prioritaires, dans une optique de maintien durable de la forte productivité des écosystèmes des Pertuis Charentais et du fonctionnement des espaces côtiers en général.


Francis, CA, Beman, JM and Kuypers MM. The ISME journal. 2007:1:19-27 illustration : Francis, CA, Beman, JM and Kuypers MM. The ISME journal. 2007:1:19-27



Principales collaborations :
  • Pr Magali Ader et Dr. Emmanuelle Gérard, Institut de Physique du Globe, Paris, France
  • Pr Cécile Bernard, Muséum d’Histoire Naturelle, Paris, France
  • Dr Marc Bouvy, Dr Christophe Leboulanger et Jean Christophe Auguet, Laboratoire Écologie des systèmes marins côtier, Montpellier, France
  • Pr Jun Gong and Dr. Xialo Zhang, Yantai Institute of Coastal Research, Yantai, Chine
  • Dr Mylène Hugoni, Laboratoire Ecologie Microbienne, Lyon, France
  • Dr Anniet Laverman, Laboratoire Ecosystèmes, Biodiversité, Evolutio ; Rennes, France
  • Dr Aude Leynaert, Laboratoire des sciences de l’Environnement Marin, Brest, France
  • Dr. Isabelle Mary et Dr Clarisse Mallet, Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Université Blaise Pascal, Clermont Ferrand
  • Dr. Cindy Smith, NUIG, Galway, Irlande

Liste des publications :
* Cette liste est une extraction automatique des publications référencées sous HAL qui est susceptible de contenir des doublons. Ces derniers sont en cours d’analyse et seront supprimés prochainement.

37 résultats

2017

Article dans une revue

Diel rhythm does not shape the vertical distribution of bacterial and archaeal 16S rRNA transcript diversity in intertidal sediments: a mesocosm study Running title: Diel activities of benthic Bacteria and Archaea
Céline Lavergne , Mylène Hugoni , Cédric Hubas , Didier Debroas , Dupuy Christine , Hélène Agogué
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2017, <10.1007/s00248-017-1048-1>
Factors influencing prokaryotes in an intertidal mudflat and the resulting depth gradients
Céline Lavergne , Hélène Agogué , Aude Leynaert , Mélanie Raimonet , Rutger De Wit , Philippe Pineau , Martine Bréret , Nicolas Lachaussée , Christine Dupuy
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2017, 189, pp.74 - 83. <10.1016/j.ecss.2017.03.008>
Microbial Diversity and Cyanobacterial Production in Dziani Dzaha Crater Lake, a Unique Tropical Thalassohaline Environment
Christophe Leboulanger , Hélène Agogué , Cécile Bernard , Marc Bouvy , Claire Carré , Maria Cellamare , Charlotte Duval , Eric Fouilland , Patrice Got , Laurent Intertaglia , Céline Lavergne , Emilie Le Floc'H , Cécile Roques , Gérard Sarazin
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (1), pp.e0168879. <10.1371/journal.pone.0168879>

2016

Article dans une revue

Response of Core Microbial Consortia to Chronic Hydrocarbon Contaminations in Coastal Sediment Habitats
Mathilde Jeanbille , Jérôme Gury , Robert Duran , Jacek Tronczynski , Hélène Agogué , Olfa Ben Saïd , Jean-François Ghiglione , Jean-Christophe Auguet
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 7, pp.1637 <10.3389/fmicb.2016.01637>
Chronic Polyaromatic Hydrocarbon (PAH) Contamination Is a Marginal Driver for Community Diversity and Prokaryotic Predicted Functioning in Coastal Sediments
Mathilde Jeanbille , Jérôme Gury , Robert Duran , Jacek Tronczynski , Jean-François Ghiglione , Hélène Agogué , Olfa Ben Saïd , Najwa Taïb , Didier Debroas , Cédric Garnier , Jean-Christophe Auguet
Frontiers in microbiology, Frontiers Research Foundation, 2016, 7, pp.1303. <10.3389/fmicb.2016.01303>

2015

Article dans une revue

Structure and functional characteristics of the meiofauna community in highly unstable intertidal mudbanks in Suriname and French Guiana (North Atlantic coast of South America)
Dupuy Christine , Hien Thanh Nguyen , David Mizrahi , Jérôme Jourde , Martine Bréret , Hélène Agogué , Beaugeard Laureen , Pierrick Bocher
Continental Shelf Research, Elsevier, 2015, <10.1016/j.csr.2015.09.019>
Di and tripeptides from marine sources can target adipogenic process and contribute to decrease adipocyte number and functions
Yesmine Ben Henda , Mariem Laamari , Isabelle Lanneluc , Marie-Agnès Travers , Hélène Agogué , Ingrid Fruitier-Arnaudin , Bridiau Nicolas , Thierry Maugard , Jean-Marie Piot , Frédéric Sannier , Stéphanie Bordenave-Juchereau,
journal of functional foods, 2015, <10.1016/j.jff.2015.04.050>
Di and tripeptides from marine sources can target adipogenic process and contribute to decrease adipocyte number and functions
Yesmine Ben Henda , Mariem Laamari , Isabelle Lanneluc , Marie-Agnès Travers , Hélène Agogué , Ingrid Arnaudin , Nicolas Bridiau , Thierry Maugard , Jean-Marie Piot , Frédéric Sannier , Stéphanie Bordenave-Juchereau
Journal of Functional Foods, 2015, Journal of Functional Foods, 17, pp.1-10. <10.1016/j.jff.2015.04.050>
Contrasting spatiotemporal patterns and environmental drivers of diversity and community structure of ammonia oxidizers, denitrifiers, and anammox bacteria in sediments of estuarine tidal flats
Anjing Yang , Xiaoli Zhang , Hélène Agogué , Christine Dupuy , Jun Gong
Annals of Microbiology, Springer, 2015, 65 (879-890), http://link.springer.com/journal/13213. <10.1007/s13213-014-0929-5>
Temporal Dynamics of Active Prokaryotic Nitrifiers and Archaeal Communities from River to Sea
Mylène Hugoni , Hélène Agogué , Najwa Taib , Isabelle Domaizon , Anne Moné , Pierre E. Galand , Gisèle Bronner , Didier Debroas , Isabelle Mary
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2015, 70 (2), pp.473-483. <10.1007/s00248-015-0601-z>
Temporal dynamics of active Archaea in oxygen-depleted zones of two deep lakes
Mylène Hugoni , Isabelle Domaizon , Najwa Taib , Corinne Biderre-Petit , Hélène Agogué , Pierre E. Galand , Didier Debroas , Isabelle Mary
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2015, 7, pp.321-329. <10.1111/1758-2229.12251>

2014

Article dans une revue

Bacterial dynamics in a microphytobenthic biofilm: A tidal mesocosm approach
Hélène Agogué , Clarisse Mallet , Francis Orvain , Margot De Crignis , Françoise Mornet , Christine Dupuy
Journal of Sea Research, Elsevier, 2014, Trophic significance of microbial biofilm in tidal flats, 92, pp.36 - 45. <10.1016/j.seares.2014.03.003>
How does the resuspension of the biofilm alter the functioning of the benthos–pelagos coupled food web of a bare mudflat in Marennes-Oléron Bay (NE Atlantic)?
Blanche Saint-Béat , Christine Dupuy , Hélène Agogué , Alexandre Carpentier , Julien Chalumeau , Serena Como , Valérie David , Margot De Crignis , Jean-Claude Duchêne , Camille Fontaine , Eric Feunteun , Katell Guizien , Hans Hartmann , Johann Lavaud , Sébastien Lefebvre , Christel Lefrançois , Clarisse Mallet , Hélène Montanié , Jean-Luc Mouget , Francis Orvain , Pascaline Ory , Pierre-Yves Pascal , Gilles Radenac , Pierre Richard , Nathalie Niquil
Journal of Sea Research, Elsevier, 2014, 92, pp.144-157. <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S138511011400029X>. <10.1016/j.seares.2014.02.003>
Relative Abundance of Ammonia Oxidizers, Denitrifiers, and Anammox Bacteria in Sediments of Hypernutrified Estuarine Tidal Flats and in Relation to Environmental Conditions
Xiaoli Zhang , Hélène Agogué , Christine Dupuy , Jun Gong
CLEAN - Soil, Air, Water, Wiley, 2014, 42 (6), pp.815-823. <http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/%28ISSN%291863-0669>. <10.1002/clen.201300013>
Structures of benthic prokaryotic communities and their hydrolytic enzyme activities resuspended from samples of intertidal mudflats: An experimental approach
Clarisse Mallet , Hélène Agogué , Frédérique Bonnemoy , Katell Guizien , Francis Orvain , Christine Dupuy
Journal of Sea Research, Elsevier, 2014, Trophic significance of microbial biofilm in tidal flats, 92, pp.158-169. <10.1016/j.seares.2014.01.005>
Structures of benthic prokaryotic communities and their hydrolytic enzyme activities resuspended from samples of intertidal mudflats: An experimental approach
Clarisse Mallet , Hélène Agogué , Frédérique Bonnemoy , Katell Guizien , Orvain Francis , Christine Dupuy
Journal of Sea Research, Elsevier, 2014, <10.1016/j.seares.2014.01.005>

2013

Article dans une revue

Isolation and distribution of iridescent Cellulophaga and further iridescent marine bacteria in the Charente Maritime coast, French Atlantic coast
Betty Kientz , Hélène Agogué , Céline Lavergne , Pauline Marié , Eric Rosenfeld
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2013, 36 (4), pp.244-251. <http://www.journals.elsevier.com/systematic-and-applied-microbiology>. <10.1016/j.syapm.2013.02.004>
Structure of the rare archaeal biosphere and seasonal dynamics of active ecotypes in surface coastal waters.
Mylène Hugoni , Najwa Taib , Didier Debroas , Isabelle Domaizon , Isabelle Jouan-Dufournel , Gisèle Bronner , Ian Salter , Hélène Agogué , Isabelle Mary , Pierre E Galand
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (15), pp.6004-6009. <10.1073/pnas.1216863110>
Structure of the rare archaeal biosphere and seasonal dynamics of active ecotypes in surface coastal waters
Mylène Hugoni , Najwa Taib , Didier Debroas , Isabelle Domaizon , Isabelle Jouan-Dufournel , Gisèle Bronner , Ian Salter , Hélène Agogué , Isabelle Mary , Pierre E. Galand
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (15), pp.6004-6009. <10.1073/pnas.1216863110>

2011

Article dans une revue

Water mass-specificity of bacterial communities in the North Atlantic revealed by massively parallel sequencing
Hélène Agogué , Dominique Lamy , Phillip Neal , Mitchell Sogin , Gerhard Herndl
Molecular Ecology, Wiley, 2011, 20, http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/%28ISSN%291365-294X. <10.1111/j.1365-294X.2010.04932.x>

2008

Article dans une revue

Major gradients in putatively nitrifying and non-nitrifying Archaea in the deep North Atlantic
Hélène Agogué , Maaike Brink , Julie Dinasquet , Gerhard J Herndl
Nature, Nature Publishing Group, 2008, 456, pp.788 - 791. <10.1038/nature07535>
Melitea salexigens gen. nov., sp. nov., a gammaproteobacterium from the Mediterranean Sea
Laurent Urios , Hélène Agogué , Laurent Intertaglia , Françoise Lesongeur , Philippe Lebaron
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2008, 58 (Pt 11), pp.2479-2483. <10.1099/ijs.0.65685-0>
Spatial distribution of Bacteria and Archaea and amoA gene copy numbers throughout the water column of the Eastern Mediterranean Sea
Daniele De Corte , Taichi Yokokawa , Hélène Agogué , Marta M. Varela , Gerhard Herndl
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2008, <10.1038/ismej.2008.94>
Regulation of aquatic microbial processes: the ‘microbial loop’ of the sunlit surface waters and the dark ocean dissected
Gerhard J. Herndl , Hélène Agogué , Federico Baltar , Thomas Reinthaler , Eva Sintes , Marta M. Varela
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2008, 53, pp.59-68. <10.3354/ame01225>
Melitea salexigens gen. nov., sp. nov., a gammaproteobacterium from the Mediterranean Sea
Laurent Urios , Hélène Agogué , Laurent Intertaglia , Françoise Lesongeur , Philippe Lebaron
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2008, 58, pp.2489-2483. <10.1099/ijs.0.65685-0>

2006

Article dans une revue

Microbial community structure in the sea surface microlayer at two contrasting coastal sites in the northwestern Mediterranean Sea
Fabien Joux , Hélène Agogué , Ingrid Obernosterer , Dupuy Christine , Thomas Reinthaler , Gerhard J. Herndl , Philippe Lebaron
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2006, <10.3354/ame042091>
Balneola vulgaris gen. nov., sp. nov., a member of the phylum Bacteroidetes from the north-western Mediterranean Sea
Laurent Urios , Hélène Agogué , Françoise Lesongeur , Erko Stackebrandt , Philippe Lebaron
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2006, 56 (8), pp.1883-1887. <10.1099/ijs.0.64285-0>
Balneola vulgaris gen. nov., sp. nov., a member of the phylum Bacteroidetes from the north-western Mediterranean Sea
Laurent Urios , Hélène Agogué , Françoise Lesongeur , Erko Stackebrandt , Philippe Lebaron
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2006, 56, pp.1883-1887. <10.1099/ijs.0.64285-0>
Microbial community structure in the sea surface microlayer at two contrasting coastal sites in the northwestern Mediterranean Sea
Fabien Joux , Hélène Agogué , Ingrid Obernosterer , Christine Dupuy , Thomas Reinthaler , Gerhard Herndl , Philippe Lebaron
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2006, 42, pp.91-104. <10.3354/ame042091>
Microbial community structure in the sea surface microlayer at two contrasting coastal sites in the northwestern Mediterranean Sea
Fabien Joux , Hélène Agogué , Ingrid Obernosterer , Christine Dupuy , Thomas Reinthaler , Gerhard J. Herndl , Philippe Lebaron
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2006, 42, pp.91-104

2005

Article dans une revue

Resistance of Marine Bacterioneuston to Solar Radiation
Hélène Agogué , Fabien Joux , Ingrid Obernosterer , Philippe Lebaron
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2005, 71, pp.5282 - 5289. <10.1128/AEM.71.9.5282–5289.2005>
A survey on bacteria inhabiting the sea surface microlayer of coastal ecosystems
Hélène Agogué , Emilio O. Casamayor , Muriel Bourrain , Ingrid Obernosterer , Fabien Joux , Gerhard J. Herndl , Philippe Lebaron
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2005, 54, pp.269-280. <10.1016/j.femsec.2005.04.002>
Resistance of Marine Bacterioneuston to Solar Radiation
Hélène Agogué , Fabien Joux , Ingrid Obernosterer , Philippe Lebaron
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2005, 71 (9), pp.5282-5289
A survey on bacteria inhabiting the sea surface microlayer of coastal ecosystems
Hélène Agogué , Emilio O. Casamayor , Muriel Bourrain , Ingrid Obernosterer , Fabien Joux , Gerhard J. Herndl , Philippe Lebaron
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2005, 54, pp.269-280

2004

Article dans une revue

Comparison of samplers for the biological characterization of the sea surface microlayer
Hélène Agogué , Emilio O. Casamayor , Fabien Joux , Ingrid Obernosterer , Christine Dupuy , François Lantoine , Philippe Catala , Markus G Weinbauer , Thomas Reinthaler , Gerhard J. Herndl , Philippe Lebaron
Limnology and Oceanography : methods, 2004, 2, pp.213-225. <10.4319/lom.2004.2.213>

2001

Article dans une revue

Does the High Nucleic Acid Content of Individual Bacterial Cells Allow Us To Discriminate between Active Cells and Inactive Cells in Aquatic Systems?
Philippe Lebaron , Pierre Servais , Helene Agogué , Claude Courties , Fabien Joux
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2001, 67, pp.1775 - 1782. <10.1128/AEM.67.4.1775–1782.2001>
Are the actively respiring cells (CTC+) those responsible for bacterial production in aquatic environments?
Pierre Servais , Hélène Agogué , Claude Courties , Fabien Joux , Philippe Lebaron
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2001, 35, pp.171 - 179. <10.1016/S0168-6496(01)00089-7>