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Thèse de doctorat 2011/2014
Ecole doctorale de l’Université de La Rochelle (Gay Lussac)

Formation d’origine :
Master Recherche AIEL (Approche intégrée des Ecosystèmes Littoraux) 2010-2011

(2011-2014) Rôle (structure et fonction) des communautés procaryotes (bactéries et archées) dans le cycle de l’azote d’une vasière littorale des Pertuis Charentais.

Mots clés : Bactéries, Archées, Diversité fonctionnelle, Cycle de l’azote, vasière intertidale, biofilm microbien

Directeur de thèse :
Christine DUPUY, Enseignant-chercheur grade classe normale, 4ème échelon, Université de La Rochelle, LIENSs UMR 7266
Equipe de rattachement :DYFEA
Responsables scientifiques :
Hélène AGOGUE, Chercheur, CNRS, LIENSs UMR 7266
Financement : Bourse de thèse du Conseil Général Charente Maritime (CG17)



Rôle (structure et fonction) des communautés bactériennes et archéennes des vasières littorales du Pertuis Charentais : conséquences de leurs activités sur la productivité du biofilm microphytobenthique

But : étude des bactéries et des archées qui vivent spécifiquement dans le biofilm et donc qui sont en constante interaction avec les diatomées. (Abondance, diversité, fonction (activité ARN, enzyme et gènes fonctionnels))

Les vasières intertidales sont des zones à très forte activité biologique. Cette productivité provient principalement d’un important recyclage par les procaryotes (Bactéries et Archées) de la matière organique importée et d’une intense production primaire locale assurée par des micro-algues unicellulaires benthiques (microphytobenthos) dominées par les diatomées. Les procaryotes sont les principaux agents de la reminéralisation des nutriments : ils convertissent la matière organique (dissoute et particulaire) en matière inorganique disponible (i.e. sels nutritifs) notamment pour les algues. Parmi les processus de reminéralisation de la matière organique, nous allons nous intéresser plus particulièrement au cycle de l’azote. L’importance de cet élément est en effet maintenant bien reconnue car il est considéré comme un facteur limitant dans les environnements côtiers.
L’étude du rôle fonctionnel des procaryotes dans le cycle de l’azote se fera par la détection, la quantification et l’étude de la diversité des gènes fonctionnels présents dans les communautés bactériennes et archéennes.

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Principales collaborations :
  • Katell GUIZIEN, Chercheur HDR, Observatoire Océanologique de Banyuls Sur Mer (UPMC/CNRS) Laboratoire d’Ecogéochimie des Environnements Benthiques
  • Mylène HUGONI, Doctorante, Microbiologie de l’environnement et bioinformatique, LMGE Clermont-Ferrand UMR 6023
  • Aude LEYNAERT, Chercheur, CNRS, LEMAR-IUEM, Brest
  • Isabelle MARY, MCF, Microbiologie de l’environnement et bioinformatique, LMGE Clermont-Ferrand UMR 6023