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Thèse de doctorat 2006/2009
Ecole doctorale de l’Université de La Rochelle
Formation d’origine :
Master Recherche EDEL (Exploitation Durable des Ecosystèmes Littoraux), 2004-2005

(2006/2009)
Le réseau trophique microbien : Impact des virus et des protozoaires sur le compartiment bactérien planctonique

Directeur de thèse :
- Hélène Montanié, Maître de Conférences, Université de La Rochelle, UMR 7266 LIENSS
Equipe de rattachement :DYFEA
Responsables scientifiques :
- Hélène Montanié, Maître de Conférences, Université de La Rochelle, UMR 7266 LIENSS
- Hans J. Hartmann, - Maître de Conférences, Université de La Rochelle, UMR 7266 LIENSS
Financement : Allocation Bourse Docteur-Ingénieur avec co-financement CNRS-Région Poitou-Charentes



Le réseau trophique microbien : Impact des virus et des protozoaires sur le compartiment bactérien planctonique

Mots clés : Ecologie microbienne, virus, bactéries, nanoflagellés, réseau planctonique, boucle microbienne, lyse virale, prédation

Longtemps négligés quant à leur implication significative dans les flux trophiques en milieu aquatique, les compartiments microbiens, traduits par leurs fortes abondances et leur ubiquité, représentent pourtant des maillons essentiels dans les transferts de matière. En effet, jusqu’à 50 % de la production primaire pourrait transiter au travers de ces compartiments. Or à l’heure actuelle, le fonctionnement du réseau trophique microbien reste mal connu. Ainsi, dans le but de contribuer à l’amélioration des connaissances du fonctionnement général des écosystèmes aquatiques littoraux, l’objectif de cette étude est de caractériser les interactions existantes entre 3 compartiments microbiens (bactéries, virus et flagellés) dans le bassin de Marennes Oléron selon deux approches, des suivis in situ et des séries d’expérimentations en laboratoire.



Objectifs

  • Caractériser la dynamique spatio-temporelle du réseau planctonique du bassin de Marennes Oléron par un suivi in situ.
  • Déterminer la dynamique temporelle des différents types de flux trophiques par un suivi in situ (modèle conceptuel).
  • Mettre en évidence et caractériser les interactions virus/protozoaires et leurs impacts sur la régulation de la communauté bactérienne en fonction des saisons, de l’état trophique du milieu, de l’apport en nutriment ou de micro-organismes allochtones remis en suspension à partir du biofilm benthique.
  • Déterminer les effets respectifs des virus, par lyse virale, et des nanoflagellés, par prédation, sur la diversité fonctionnelle des bactéries.

    Principales collaborations :
  • Laboratoire ARAGO, Observatoire de Banyuls, UMR 7621
  • Laboratoire EPOC, station marine d’Arcachon, Université de Bordeaux 1, UMR 5805