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Thèse de doctorat 2006/2009
Ecole doctorale de l’Université de La Rochelle
Formation d’origine :
Master Recherche EDEL (Exploitation Durable des Ecosystèmes Littoraux), 2004-2005

(2006/2009)
Le réseau trophique microbien : Impact des virus et des protozoaires sur le compartiment bactérien planctonique

Directeur de thèse :
- Hélène Montanié, Maître de Conférences, Université de La Rochelle, UMR 7266 LIENSS
Equipe de rattachement :DYFEA
Responsables scientifiques :
- Hélène Montanié, Maître de Conférences, Université de La Rochelle, UMR 7266 LIENSS
- Hans J. Hartmann, - Maître de Conférences, Université de La Rochelle, UMR 7266 LIENSS
Financement : Allocation Bourse Docteur-Ingénieur avec co-financement CNRS-Région Poitou-Charentes



Le réseau trophique microbien : Impact des virus et des protozoaires sur le compartiment bactérien planctonique

Mots clés : Ecologie microbienne, virus, bactéries, nanoflagellés, réseau planctonique, boucle microbienne, lyse virale, prédation

Longtemps négligés quant à leur implication significative dans les flux trophiques en milieu aquatique, les compartiments microbiens, traduits par leurs fortes abondances et leur ubiquité, représentent pourtant des maillons essentiels dans les transferts de matière. En effet, jusqu’à 50 % de la production primaire pourrait transiter au travers de ces compartiments. Or à l’heure actuelle, le fonctionnement du réseau trophique microbien reste mal connu. Ainsi, dans le but de contribuer à l’amélioration des connaissances du fonctionnement général des écosystèmes aquatiques littoraux, l’objectif de cette étude est de caractériser les interactions existantes entre 3 compartiments microbiens (bactéries, virus et flagellés) dans le bassin de Marennes Oléron selon deux approches, des suivis in situ et des séries d’expérimentations en laboratoire.



Objectifs

  • Caractériser la dynamique spatio-temporelle du réseau planctonique du bassin de Marennes Oléron par un suivi in situ.
  • Déterminer la dynamique temporelle des différents types de flux trophiques par un suivi in situ (modèle conceptuel).
  • Mettre en évidence et caractériser les interactions virus/protozoaires et leurs impacts sur la régulation de la communauté bactérienne en fonction des saisons, de l’état trophique du milieu, de l’apport en nutriment ou de micro-organismes allochtones remis en suspension à partir du biofilm benthique.
  • Déterminer les effets respectifs des virus, par lyse virale, et des nanoflagellés, par prédation, sur la diversité fonctionnelle des bactéries.

    Principales collaborations :
  • Laboratoire ARAGO, Observatoire de Banyuls, UMR 7621
  • Laboratoire EPOC, station marine d’Arcachon, Université de Bordeaux 1, UMR 5805

Liste des publications :
* Cette liste est une extraction automatique des publications référencées sous HAL qui est susceptible de contenir des doublons. Ces derniers sont en cours d’analyse et seront supprimés prochainement.

5 résultats

2014

Article dans une revue

How does the resuspension of the biofilm alter the functioning of the benthos–pelagos coupled food web of a bare mudflat in Marennes-Oléron Bay (NE Atlantic)?
Blanche Saint-Béat , Christine Dupuy , Hélène Agogué , Alexandre Carpentier , Julien Chalumeau , Serena Como , Valérie David , Margot De Crignis , Jean-Claude Duchêne , Camille Fontaine , Eric Feunteun , Katell Guizien , Hans Hartmann , Johann Lavaud , Sébastien Lefebvre , Christel Lefrançois , Clarisse Mallet , Hélène Montanié , Jean-Luc Mouget , Francis Orvain , Pascaline Ory , Pierre-Yves Pascal , Gilles Radenac , Pierre Richard , Nathalie Niquil
Journal of Sea Research, Elsevier, 2014, 92, pp.144-157. <http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S138511011400029X>. <10.1016/j.seares.2014.02.003>
Microbial interactions in marine water amended by eroded benthic biofilm: A case study from an intertidal mudflat
Hélène Montanié , Pascaline Ory , Francis Orvain , Daniel Delmas , Christine Dupuy
Journal of Sea Research, Elsevier, 2014, 92, pp.74 - 85. <10.1016/j.seares.2013.11.011>

2013

Article dans une revue

Microorganism dynamics in a mudflat during rising tide Microorganism dynamics during a rising tide: Disentangling effects of resuspension and mixing with offshore waters above an intertidal mudflat
Katell Guizien , Christine Dupuy , Pascaline Ory , Hélène Montanié , Hans Hartmann , Mathieu Chatelain , Mikhaïl Karpytchev
Journal of Marine Systems, Elsevier, 2013, <10.1016/j.jmarsys.2013.05.010>

2011

Article dans une revue

In situ structuring of virioplankton through bacterial exoenzymatic activity: interaction with phytoplankton
Pascaline Ory , Stéphanie Palesse , Daniel Delmas , Hélène Montanié
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2011, 64, pp.233 - 252. <10.3354/ame01524>

2010

Article dans une revue

Pelagic food web patterns: do they modulate virus and nanoflagellate effects on picoplankton during the phytoplankton spring bloom?
Pascaline Ory , Hans Hartmann , Florence Jude , Christine Dupuy , Yolanda Del Amo , Philippe Catala , Françoise Mornet , Valérie Huet , Jan Benoit , Dorothée Vincent , Benoit Sautour , Hélène Montanié
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2010, 12 (10), pp.2755-2772. <10.1111/j.1462-2920.2010.02243.x>