LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs) - UMR 7266

HI-FLO

Thierry Guyot — 2011-06-20T15:11:00Z

The genetic basis and history of adaptive differentiation in high gene flow marine species

Responsable :

Nicolas Bierne (UMR5554, Montpellier)

Porteur de projet Lienss :

Résumé du projet

La génétique des populations marines tire son originalité dans la manipulation de paramètres démographiques extrêmes rarement rencontrés dans l'environnement terrestre : très grande fécondité, très grande taille des populations et dispersion à longue distance par une phase larvaire planctonique. Corrélativement, des diversités génétiques record et des différentiations génétiques spatiales très faibles sont observées chez beaucoup d'organismes marins. L'adaptation locale devrait être plus coûteuse pour les espèces marines que pour les espèces terrestres, parce que les échelles de dispersion surpassent l'hétérogénéité spatiale de l'environnement. Paradoxalement, les animaux marins ont prouvé qu'ils étaient capables de payer le coût de l'adaptation locale.

Nous proposons deux hypothèses pouvant résoudre ce vieux paradoxe de l'adaptation locale en milieu marin : (i) une longue histoire de conditions hors équilibre (colonisation, expansion, fragmentation) a son importance dans l'existence et le maintien d'adaptations à l'hétérogénéité environnementale, (ii) les espèces marines sont souvent génétiquement sous-structurées par des incompatibilités endogènes cachées, des barrières génétiques, qui viennent coïncider secondairement avec des zones de changement environnemental.

Les bases génétiques et l'histoire de la différentiation adaptative dans des conditions marines seront étudiées expérimentalement par des approches de génomique des populations (« scan génomique ») et par des approches théoriques, en incorporant des variables pertinentes aux modèles et en développant des prédictions théoriques appropriées aux données expérimentales produites.

Les retombées scientifiques de Hi-Flo seront des publications sur la théorie de l'auto-stop en populations structurées, l'impact de l'histoire sur l'émergence et le maintien de l'adaptation locale, l'identification de polymorphismes adaptatifs chez des espèces à fort flux génique, la quantification de l'importance de l'adaptation dans le processus d'invasion en milieu marin. Nous anticipons un impact conceptuel du projet Hi-Flo sur une prise de conscience que les espèces marines sont souvent structurées par des incompatibilités génétiques endogènes dont la mise en évidence indirecte par l'étude de quelques marqueurs neutres est rendue difficile par la lenteur du processus de dérive chez ces espèces à taille efficace gigantesque. Les retombées environnementales de Hi-Flo seront une meilleure compréhension des processus d'invasion ou de prolifération en milieu marin, permettant d'apporter des clés pour une meilleure anticipation de ces phénomènes dans la gestion du littoral.

Liens Web

http://hi.flo.free.fr/

dates de début et d'échéance du programme

Du 01/01/2009 au 31/12/2011

Partenaires

Institut des Sciences de l'Evolution, UMR 555, 34095 Montpellier Cedex 5 (Porteur du projet).
Laboratoire de Génétique et Pathologie, IFREMER, 17390 La Tremblade
Littoral Environnement et Sociétés, CNRS UMR 6250, 17042 La Rochelle
Station Biologique de Roscoff, équipe Adaptation et Diversité en Milieu Marin, CNRS UMR 7144, 29682 Roscoff

Résultats

Revues internationales à comité de lecture

– Bierne N, Welch J, Loire E, Bonhomme F , David P (2011) The coupling hypothesis : why genome scans may fail to map local adaptation genes. Accepté Mol Ecol
– Bierne N (2010) The distinctive footprints of local hitchhiking in a varied environment and global hitchhiking in a subdivided population. Evolution sous presse.
– Boon E, Faure MF & Bierne N (2009) The flow of antimicrobial genes through a genetic barrier between Mytilus edulis and M. galloprovincialis. Journal of Molecular Evolution, 68:461-74.
– Faure B, Jollivet D, Tanguy A, Bonhomme F & Bierne N (2009). Speciation in the deep sea : multi-locus analysis of divergence and gene flow between two hybridizing species of hydrothermal vent mussels. PLoS ONE, 4:e6485.
– Szulkin M, Bierne N, David P (2010) Heterozygosity-fitness correlations : a time for reappraisal. Evolution. 64 : 1202-17.

Communications

– Bierne N (2009) Marqueurs moléculaires et sélection : une relation indirecte. Conférence invitée aux séminaires du département de Biologie de l'Université Laval à Québec.
– Bierne N (2010) The distinctive footprints of local hitchhiking in a varied environment and global hitchhiking in a subdivided population. Congrès annuel de la Société de Biologie Moléculaire et d'Evolution (SMBE) Lyon, 4-8 Juillet 2010.
– Bierne N (2010) Genetic draft in subdivided populations of marine species. “SEB Animal Section Symposium on Intra-specific diversity in aquatic animals”, Sète, 24-27 juin 2010.
– Gosset C, Faure MF, Glaser N, Bierne N (2010) The unforeseen history underlying the differentiation of two high Fst outlier loci in the mussel Mytilus galloprovincialis. “Modèles en écologie évolutive, séminaire pour doctorants”. CNRS Montpellier, 31 mai – 2 juin 2010.
– Gosset C, Faure MF, Glaser N, Bierne N (2010) The unforeseen history underlying the differentiation of two high Fst outlier loci in the mussel Mytilus galloprovincialis. “SEB Animal Section Symposium on Intra-specific diversity in aquatic animals”, Sète, 24-27 juin 2010.
– Rohfritsch A, Bierne N, Boudry P, Heurtebise S, Lapègue S (2008). Scanning the genome of the Pacific cupped oyster, Crassostrea gigas, for adaptative differentiation during geographic range expansion. World Conference on Marine Biodiversity, Valence, 11-15 september 2008.
– Rohfritsch A, Bierne N, Boudry P, Heurtebise S, Lapègue S (2010). Genomics of adaptation of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, in the context of its geographic expansion in Europe. “SEB Animal Section Symposium on Intra-specific diversity in aquatic animals”, Sète, 24-27 juin 2010.
– A. Rohfritsch, V. Becquet, N. Bierne and P. Garcia (2010). « Analyse de novo du transcriptome du bivalve marin Macoma balthica dans l'objectif d'un scan génomique de la différenciation adaptative », Ecologie 2010, (Montpellier 2-4 septembre 2010)

GIPREOL

Thierry Guyot — 2011-06-02T05:50:01Z

"Gestion intégrée de pratiques récréatives sur les estrans : l'exemple de la pêche à pied sur l'île d'Oléron". 2009-2001
Programme national ANR SYSTERRA

Responsable

Gilles Radenac (DYFEA)

Résumé du projet

Les résultats qui seront apportés en fin de programme auront des retombées sur le fonctionnement de la politique publique mise en place par le Pays de Marennes Oléron dans le cadre de la GIZC. En effet, si l'expérimentation montre, à terme, un effet positif incontestable sur la clarification du rôle respectif des acteurs, sur la modification des pratiques de pêche néfastes et sur une préservation durable de la ressource biologique, on peut s'attendre à l'acceptation par les pratiquants de la pêche à pied récréative d'une réglementation efficace car générée dans la concertation et le dialogue.
_ Outre cet apport indéniable, les retombées seront aussi en terme d'image pour l'Île d'Oléron qui aura, alors, su mettre en place une gestion opérationnelle et durable d'une activité touchant l'environnement littoral.
Des actions médiatiques tant à l'échelle locale que nationale sont prévues tout au long des opérations du programme de manière à valoriser, d'une part, le travail accompli, et, d'autre part la politique menée dans le cadre de la GIZC portée par les différents acteurs locaux.

Liens Web

dates de début et d'échéance du programme

{}

Partenaires

association IODDE (Ile d'Oléron Développement Durable Environnement)

Pays de Marennes-Oléron

EXPENENTIO

Thierry Guyot — 2010-02-22T14:17:12Z

EXPENANTIO : Vers une voie durable pour la synthèse de molécules chirales : approches expérimentales et théoriques innovantes pour la compréhension des bases moléculaires de l'énantiosélectivité des lipases et des estérases

Coordination :

Marianne GRABER, UMR CNRS 7266 : Littoral, Environnement et Sociétés (LIENSs) /équipe AMES

Résumé du projet

On observe actuellement une forte croissance de la demande de composés stéréochimiquement purs, et ceci, dans un contexte général d'un développement nécessaire de la chimie « verte ». Le projet que nous présentons permet de répondre à ces deux demandes. En effet, il a pour but :
1°) de mener des travaux de recherche fondamentale, associant étroitement des méthodes expérimentales « propres » et des méthodes in silico innovantes, visant à mieux comprendre les causes moléculaires de la stéréosélectivité des lipases et des estérases, de façon à pouvoir améliorer encore leur sélectivité par des méthodes rationnelles ;
2°) d'utiliser les résultats fondamentaux obtenus dans le projet, en vue de l'éco-conception de procédés de synthèse catalysées par la lipase, pour la production d'alcools chiraux, qui sont des intermédiaires de synthèse asymétrique pour la chimie. Ceci permettra une exploitation efficace et à court terme de ce travail.

dates de début et d'échéance du programme

décembre 2008 – décembre 2012

Partenaires

UMR CNRS 6250 :Littoral, Environnement et Sociétés (LIENSs), Equipe « Biotechnologies environnementales » (BIEN), La Rochelle
UMR CNRS 6250 :Littoral, Environnement et Sociétés (LIENSs), Equipe « Molécules à activité biologique » (MAB), La Rochelle
UMR CNRS 6204 : Unité de Biotechnologie, Biocatalyse et Biorégulation, Nantes
UMR CNRS 5086, Institut de Biologie et Chimie des Protéines, Lyon
Royal Institute of Technology (KTH), School of Biotechnology Department of Biochemistry, Biocatalysis group, Stockholm, Suède

Résultats

Communications Internationales multipartenaires :

1. Rouillard H., Domon L., Graber M., Thiéry V., Chérouvrier J-R., Investigation of microwave-assisted lipase catalysed reaction. 1st International Symposium of Microwave-Assisted Organic and Peptide Synthesis (MAOPS), La Grande Motte, France, 4-5 juin 2009.

2. Marton Z., Syrèn P-O., Bauer C., Tran V., Lamare S. and Graber M. Differential accessibility of enantiomers to the active site as a cause of enantioselectivity of lipase B from Candida antarctica (CALB). Biotrans 2009, Berne, Suisse, 5-9 juillet 2009.

3. Graber M., Marton Z., Léonard-Nevers V. and Tran V. Novel tracks for explaining enantioselectivity of Candida antarctica lipase B (CALB) towards secondary alcohols. Enzyme Engineering 20, Gröningen, Pays-bas, 20-24 septembre 2009.

4. Rouillard H., Domon L., Graber M., Chérouvrier J.R., Thiéry V. Etude de réactions énantiosélectives en présence de lipase sous irradiation micro-onde. Journées de la Section Régionale Centre-Ouest de la Société Chimique de France, Orléans, 10 et 11 décembre 2009.

Publications Internationales multipartenaires :

5. Branco J. F., Graber M., Denis V. and Pleiss J. (2009) Molecular mechanism of the hydration of Candida antarctica lipase B in gas phase : water adsorption isotherms and molecular dynamics simulations. ChemBioChem, 10, 2913 – 2919. IF 2008 : 3,32.

6. Marton Z., Léonard-Nevers V., Syren P-O, Bauer C., Hult K., Tran V. and Graber M. (2010) Mutations in the stereospecificity pocket and at the entrance of the active site of Candida antarctica lipase B enhancing enzyme enantioselectivity, J. Mol. Catal. B : Enzym., in press. doi:10.1016/j.molcatb.2010.01.007. IF 2008 : 2,015

PHOTOMER

Thierry Guyot — 2010-02-19T09:35:22Z

Coordination :

CADORET Jean-Paul, IFREMER Nantes,Laboratoire PBA

Porteur de projet Lienss :

PICOT Laurent, équipe (MAB)

Résumé du projet

Identification, évaluation et valorisation de composés d'origine marine pour la photochimiothérapie – Projet confidentiel ayant fait l'objet d'un accord de coopération et de confidentialité entre les 3 partenaires.

dates de début et d'échéance du programme

Janvier 2008 – Décembre 2010

Partenaires

Partenaire 1 : IFREMER Nantes Laboratoire PBA
partenaire 2 : UMR CNRS 6250 LIENSs Université de La Rochelle
Partenaire 3 : Département LASER-CHU de Nantes

CECILE

Thierry Guyot — 2010-02-17T15:24:00Z

Programme ANR Changements Environnementaux Planétaires (édition 2009). Changement environnementaux côtiers : Impact de l'élévation du niveau de la mer (CECILE)

Coordination :

Gonéri LE COZANNET, BRGM

Porteur de projet Lienss :

Guy WOPPELMANN, équipe DPL

Résumé du projet

Les travaux de LIENSs dans le projet CECILE se concentrent dans le WP3 dont l'objectif principal est de décrire les variations long terme du niveau de la mer en s'appuyant : sur une approche multi-échelle, du global (planétaire) aux échelles régionales et locales, une approche indispensable pour obtenir une vue d'ensemble des différents aspects qui limitent aujourd'hui notre connaissance (repère de référence terrestre, mouvements du sol régionaux et locaux à la côte) ; et une approche multi-technique en explorant les méthodes avancées d'analyse des séries temporelles de données et les techniques spatiales de géodésie (GPS et altimétrie radar) de façon à déterminer des tendances réalistes du niveau marin et les distinguer des autres signaux enregistrés par les marégraphes à la côte (bruit instrumental, discontinuités, sauts, mouvements verticaux du sol

Liens Web

dates de début et d'échéance du programme

01/2010 – 12/2012

Partenaires

vignette

Thierry Guyot — 2009-06-11T19:24:56Z

cliquez pour accéder au site de GIPREOL

GIPREOL

Thierry Guyot — 2009-06-11T19:22:03Z

GIPREOL "Gestion intégrée de pratiques récréatives sur les estrans : l'exemple de la pêche à pied sur l'île d'Oléron". 2009-2001
Programme national ANR SYSTERRA.

Au sein de ce système insulaire des Pertuis charentais, l'Ile d'Oléron subit aujourd'hui de fortes pressions anthropiques notamment en période estivale. Les problèmes que cette situation a fait émerger ont été à l'origine du lancement d'un projet expérimental de Gestion Intégrée des Zones Côtières (G.I.Z.C) par le Pays de Marennes Oléron. Dans le contexte de cette démarche de gestion, la pêche à pied récréative occupe une position centrale dans les stratégies de développement local pour deux raisons. D'une part, parce qu'elle mobilise des savoirs et des savoir-faire hérités qui s'intègrent dans le patrimoine maritime régional. Ensuite, parce qu'elle est pratiquée en nombre par des populations diverses (tourisme et pratiques résidentielles). Considérant ce contexte, l'objectif principal de ce projet est de tester grandeur nature cette démarche de gestion intégrée. Il s'articule en 5 tâches (les pratiques, les ressources – à 2 niveaux d'intégration –, le système de gestion et la règlementation) et 3 phases d'études : un état des lieux, une expérimentation et un retour d'expérience.
L'état des lieux sera mené le long des 3 axes : la ressource, les pratiques et le système de gestion et de réglementation. Les 2 premières études permettront de définir des indicateurs de l'impact anthropique alors que les contraintes d'acteurs et la résilience potentielle du système (populations et écosystèmes) seront évaluées par l'analyse du troisième. La phase expérimentale se déroulera sur deux plans ; l'expérimentation écologique aura pour objectif l'évaluation de la réponse fonctionnelle et structurelle des écosystèmes aux divers degrés d'atténuation de l'impact anthropique. L'expérimentation GIZC s'attachera à tester différentes formes d'intervention (réglementation + ou - stricte, information, pédagogie) à partir de la mobilisation des différents acteurs. La phase finale peut être considérée comme un retour d'expérience au cours de laquelle les trois axes définis initialement seront repris intégralement. L'objectif est, à terme la rédaction d'un guide méthodologique rédigé à partir des acquis méthodologiques (application locale, transférabilité) et d'une cartographie-type.
Les résultats qui seront apportés en fin de programme auront des retombées sur le fonctionnement de la politique publique mise en place par le Pays de Marennes Oléron dans le cadre de la GIZC. En effet, si l'expérimentation montre, à terme, un effet positif incontestable sur la clarification du rôle respectif des acteurs, sur la modification des pratiques de pêche néfastes et sur une préservation durable de la ressource biologique, on peut s'attendre à l'acceptation par les pratiquants de la pêche à pied récréative d'une réglementation efficace car générée dans la concertation et le dialogue. Outre cet apport indéniable, les retombées seront aussi en terme d'image pour l'Île d'Oléron qui aura, alors, su mettre en place une gestion opérationnelle et durable d'une activité touchant l'environnement littoral. Des actions médiatiques tant à l'échelle locale que nationale sont prévues tout au long des opérations du programme de manière à valoriser, d'une part, le travail accompli, et, d'autre part la politique menée dans le cadre de la GIZC portée par les différents acteurs locaux.

VASIREMI

Thierry Guyot — 2009-02-05T11:14:41Z

Rôle trophique des biofilms microbiens dans les vasières intertidales

Responsable

Christine Dupuy (DYFEA)

Résumé du projet

les actions développées dans l'ANR vasiremi visent à étudier le déterminisme de la production bactérienne et algale du biofilm (Exopolysaccharides, herbivorie, phagotrophie, lyse virale) et le devenir de cette production bactérienne dans l'écosystème.
Il s'agit de développer une approche écologique fonctionnelle de ces interactions communautaires (relations de type proies/prédateurs).

Il ressortira de ce projet une compréhension du fonctionnement et une quantification précise des processus suivants :

la production bactérienne associée aux ExoPolysaccharides du biofilm microalgal,
son contrôle par les virus,
la consommation du biofilm (bactérivorie et l'herbivorie) par les organismes benthiques déposivores,
idem par les vecteurs biotiques vertébrés (poissons et oiseaux),
l'érosion et la remise en suspension du biofilm,
la consommation/infection des bactéries et diatomées remises en suspension dans le réseau planctonique,
leur consommation par les suspensivores benthiques.

Liens Web

dates de début et d'échéance du programme

Octobre 2006 - Octobre 2010

Partenaires

LBBM (Laboratoire de Biologie et Biotechnologies Marines, université de Caen)

LOBB (Laboratoire d'Océanographie Biologique de Banyuls)

Laboratoire de Biologie des Protistes de l'université de Clermond-Ferrand

Station Biologique de Roscoff : équipe écologie benthique
Museum National d'Histoire Naturelle , station maritime de Dinard

Résultats

– Guarini J.M., Sari N., Moritz C.M. (In Press) Modelling the dynamics of the microalgal biomass in semi-enclosed shallow-water ecosystems. Ecological Modelling (online since 29 november 2007).
– Nicolle A., Karpytchev M (2008). Evidence for spatially variable friction from tidal amplification and asymmetry in the Pertuis Breton (France). Cont. Shelf Res. 27 (2346-2356)
– Nicolle A., Karpytchev M. (In Press) Evidence for spatially variable friction from tidal amplification and asymmetry in the Pertuis Breton (France). Cont. Shelf Res.
– Pascal P.Y., Dupuy C., Mallet C., Richard P., Niquil N. (2008) Bacterivory by benthic organisms in sediment : Quantification using 15N enriched bacteria. J Exp Mar Biol Ecol 35 : 18-26
– Pascal P-Y., Dupuy C., Richard P., Niquil N. (2008) Bacterivory in the common foraminifer Ammonia tepida : Isotope tracer experiment and the controlling factors. J. Exp. Mar. Bio. Ecol 359 : 55-61
– Pascal P.Y., Dupuy C., Richard P., Rzeznik-Orignac J., Niquil N. (2008) Bacterivory of a mudflat nematode community according to biotic and abiotic factors. Mar Biol 154 : 671-682
– Pascal PY, Dupuy C, Haubois AG, Richard P, Niquil N (In press) Influence of environmental factors on bacterial ingestion rate of the deposit-feeder Hydrobia ulvae and comparison with meiofauna. J Sea Res.

VASIREMI en Vidéo :

La vasière de la baie de Marennes-Oléron à l'étude avec VASIREMI

LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs) - UMR 7266

HI-FLO

Responsable :

Porteur de projet Lienss :

Résumé du projet

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Partenaires

Résultats

Revues internationales à comité de lecture

Communications

GIPREOL

Responsable

Résumé du projet

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Partenaires

EXPENENTIO

Coordination :

Résumé du projet

dates de début et d'échéance du programme

Partenaires

Résultats

Communications Internationales multipartenaires :

Publications Internationales multipartenaires :

PHOTOMER

Coordination :

Porteur de projet Lienss :

Résumé du projet

dates de début et d'échéance du programme

Partenaires

CECILE

Coordination :

Porteur de projet Lienss :

Résumé du projet

Liens Web

dates de début et d'échéance du programme

Partenaires

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GIPREOL

GIPREOL "Gestion intégrée de pratiques récréatives sur les estrans : l'exemple de la pêche à pied sur l'île d'Oléron". 2009-2001 Programme national ANR SYSTERRA.

VASIREMI

Responsable

Résumé du projet

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dates de début et d'échéance du programme

Partenaires

Résultats

VASIREMI en Vidéo :

GIPREOL "Gestion intégrée de pratiques récréatives sur les estrans : l'exemple de la pêche à pied sur l'île d'Oléron". 2009-2001
Programme national ANR SYSTERRA.