LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs) - UMR 7266

Pôle de soutien à la recherche

Thierry Guyot — 2025-05-07T07:32:17Z

Le pôle de soutien à la recherche regroupe l'ensemble des personnels qui apportent un appui technique et analytique aux recherches menées par le laboratoire.

Responsables :

Portail de données géoréférencées du laboratoire

Emmanuel Collignon — 2024-02-06T08:53:17Z

Le portail de données géoréférencées du LIENSs. Pour en savoir plus

Activité

Thierry Guyot — 2018-09-27T09:32:34Z

Les activités du plateau technique de Biologie Moléculaire permettent de mener des travaux dans un secteur de recherche novateur qu'est la génomique environnementale. La génomique environnementale permet de mieux comprendre le fonctionnement des organismes dans leur écosystème, ceci grâce à l'analyse de la séquence des gènes, génomes, transcriptomes. La plateforme Biologie Moléculaire est utilisée pour des activités de recherche fondamentale impliquant des chercheurs du laboratoire LIENSs mais également du CEBC. Elle est également impliquée dans des travaux de recherche appliquée liés à la surveillance des littoraux, en collaboration avec l'observatoire OBIONE et le Port de Plaisance de la Rochelle pour des suivis de biodiversité

Activités du plateau de Biologie Moléculaire :

Développement de marqueurs moléculaires (nucléaires et mitochondriaux) pour des études de génétique et génomique des populations.

Préparation de banques d'acides nucléiques avant séquençage NGS

Mise au point de protocoles d'analyses en PCR quantitative pour l'étude de gènes fonctionnels.

Barcoding moléculaire.

Étude de la diversité bactérienne et archéenne au sein des écosystèmes littoraux (marais salants, marais doux, vasières, estuaires).

Caractérisation de la diversité virale au sein des environnements aquatiques.

Caractérisation fonctionnelle des communautés procaryotes dans les écosystèmes marins (vasières, estuaires).

Equipements

Thierry Guyot — 2018-09-21T12:23:10Z

Postes de travail et principaux équipements

Le plateau de Biologie Moléculaire est réparti sur 3 laboratoires permettant le respect de "la marche en avant " des échantillons :

Salle Préparation des échantillons (L212)

Extraction des acides nucléiques (ADN et ARN) issus de modèles eucaryotes et procaryotes
Fast-prep 24, MP Biomedicals
Agitateur thermique, Grant-bio
Centrifugeuses réfrigérées pour microtubes, Eppendorf

Préparation de banques d'acide nucléiques
HulaMixer Sample Mixer, Invitrogen
Portoir magnétique Magna-rack 12 microtubes, Invitrogen
Electrophorese séparateur de fragments, Pippin Prep, Ozyme

Salle PCR et qPCR (L214)

4 thermocycleurs à gradient de température (Sensoquest labcycler et TC 5000 de TECHNE)
2 qPCR MX3005p, Stratagene

Salle post-PCR (L216)

Qualité et dosage des acides nucléiques
Nanodrop 2000, Thermoscientific
Qubit fluorometer, Invitrogen
Centrifugeuse pour microplaques, Eppendorf

Séparation des fragments et visualisation
Acquisiteur image Uvidoc HD6, UVITEC
Système de détection de mutation, Dcode Universal Mutation Détection System Bio-rad
Système d'électrophorese en champ pulsé (PFGE), CHEF-DR III Bio-rad
Système d'électrophorèse automatisé, Pippin Prep Ozyme

Stockage des échantillons
congélateur -80°C
système de lecture 2D pour référencement des échantillons (lecteur de tube et plaques)

Analyse des protéines
Système de Western blot composé d'un système d'électrophorèse vertical et d'une unité de transfert TE 70, Amersham

Matériel dédié à l'analyse des protéines, bâtiment Marie Curie

Système automatisé de transfert de gel sur membrane Transblot, Biorad
Système d'électrophorèse DODECAN Cell, Biorad
Focalisateur i12 IEF cell, Biorad
Système d'électrophorèse mini-protean 4 (Biorad) et d'électrotransfert pour western-blot
Système de digitalisation des gels (mini et grand gel) Chemidoc (Biorad) associé au pilotage par les logiciels PDQUEST (analyse de gels 2D) et imagelab : multiples détections (chromophores, fluorescence, chimiluminescence)
Mini-système de digitalisation des gels pour mini-gels GelDoc EZ imager (Biorad)

Contacts

Thierry Guyot — 2018-08-27T13:47:23Z

Référent scientifique : Hélène Agogué, CR1 CNRS
helene.agogue@univ-lr.fr
05.46.50.76.50

Référent technique : Benjamin Musnier, IE, La Rochelle Université
benjamin.musnier@univ-lr.fr
05.46.45.82.28

Publications

Thierry Guyot — 2018-08-27T13:05:21Z

2020
David, V., Tortajada, S., Savoye, N., Bréret, M., Lachaussée, N., Philippine, O., Robin, F., Dupuy, C., 2020, Impact of human activities on the spatio-seasonal dynamics of plankton diversity in drained marshes and consequences on eutrophication, Water Research, pp. 115287.

2019
De Oliveira Júnior, R., Bonnet, A., Braconnier, E., Groult, H., Prunier, G.,
Beaugeard, L., Grougnet, R., Da Silva Almeida, J., Ferraz, C., Picot, L., 2019,
Bixin, an apocarotenoid isolated from Bixa orellana L., sensitizes human melanoma cells to dacarbazine-induced apoptosis through ROS-mediated cytotoxicity, Food and Chemical Toxicology, pp. 549-561.

2018
Juin C., Gonçalves de Oliveira Junior R., Fleury A., Oudinet C., Pytowski L., Bérard J.B., Nicolau E., Thiery V., Lanneluc I., Beaugeard L., Prunier G., Almeida J., Picot L. Zeaxanthin from Porphyridium purpureum induces apoptosis in human melanoma cells expressing the oncogenic BRAF V600E mutation and sensitizes them to the BRAF inhibitor Vemurafenib. Brazilian Journal of Pharmacognosy 28:457-467.

Lavergne, C., Hugoni, M., Hubas, C., Debroas, D., Dupuy, C., Agogué, H., 2018, Diel rhythm does not shape the vertical distribution of bacterial and archaeal 16S rRNA transcript diversity in intertidal sediments : a mesocosm study Running title : Diel activities of benthic Bacteria and Archaea, Microbial Ecology, pp. 364- 374.

Van Der Heijden, L., Rzeznik-Orignac, J., Asmus, R., Fichet, D., Bréret, M.,
Kadel, P., Beaugeard, L., Asmus, H., Lebreton, B., 2018, How do food sources drive meiofauna community structure in soft-bottom coastal food webs ?, Marine Biology, pp. 166.

2017
Lavergne, C., Agogué, H., Leynaert, A., Raimonet, M., De Wit, R., Pineau, P.,
Bréret, M., Lachaussée, N., Dupuy, C., 2017, Factors influencing prokaryotes in an intertidal mudflat and the resulting depth gradients, Estuarine, Coastal and Shelf Science, pp. 74 - 83.

2016
Lacoue-Labarthe, T., Warnau, M., Beaugeard, L., Pascal, P.-Y. Trophic transfer of radioisotopes in Mediterranean sponges through bacteria consumption. Chemosphere 144, 1885-1892.

2015
Dupuy, C., Nguyen Thanh, H., Mizrahi, D., Jourde, J., Bréret, M., Agogué, H., Beaugeard, L., Bocher, P. Structure and functional characteristics of the meiofauna community in highly unstable intertidal mudbanks in Suriname and French Guiana (North Atlantic coast of South America). Continental Shelf Research 110, 39-47.

Feunteun, E., Miller, M., Carpentier, A., Aoyama, J., Dupuy, C., Kuroki, M.,
Pagano, M., Réveillac, E., Sellos, D., Watanabe, S., Tsukamoto, K., Otake, T.,
2015, Stable isotopic composition of anguilliform leptocephali and other food web components from west of the Mascarene Plateau, Progress in Oceanography, pp. 69-83.

Jauffrais, T., Agogué, H., Gemin, M.-P., Beaugeard, L., Martin-Jézéquel, V., 2017,
Effect of bacteria on growth and biochemical composition of two benthic diatoms
Halamphora coffeaeformis and Entomoneis paludosa, Journal of Experimental Marine
Biology and Ecology, pp. 65-74.

Masclaux, H., Tortajada, S., Philippine, O., Robin, F., Dupuy, C., 2015, Planktonic food web structure and dynamic in freshwater marshes after a lock closing in early spring, Aquatic Sciences - Research Across Boundaries, pp. 115–128.

Montanié, H., De Crignis, M., Lavaud, J., 2015, Viral impact on prokaryotic and microalgal activities in the microphytobenthic biofilm of an intertidal mudflat (French Atlantic coast), Frontiers in Microbiology.

2014
Lavergne, C., Beaugeard, L., Dupuy, C., Courties, C., Agogué, H. An efficient and rapid method for the enumeration of heterotrophic prokaryotes in coastal sediments by flow cytometry. Journal of Microbiological Methods 105, 31-38

Participation de la plateforme à la publication d'articles

2018
Lavergne, C., Hugoni M., Hubas C., Debroas D., Dupuy, C., and Agogué, H. Diel Rhythm Does Not Shape the Vertical Distribution of Bacterial and Archaeal 16S rRNA Transcript Diversity in Intertidal Sediments : a Mesocosm Study. Microbial Ecology. 75, 364-374

2017
Lavergne, C., Agogué, H, Leynaert A., Raimonet M., De Wit R., Pineau P., Bréret M., Lachaussée N., and Dupuy, C. Factors influencing prokaryotes in an intertidal mudflat and the resulting depth gradients. Est., Coastal and Shelf Sc.189, 74-83

2015
Feunteun, E., Miller, M.J., Carpentier, A., Aoyama, J., Dupuy, C., Kuroki, M., Pagano, M., Réveillac, E., Sellos, D., Watanabe, S., Tsukamoto, K., Otake, T. Stable isotopic composition of anguilliform leptocephali and other food web components from west of the Mascarene Plateau. Progress in Oceanography 137, 69-83.

Masclaux, H., Tortajada, S., Philippine, O., Robin, F.X., Dupuy, C. Planktonic food web structure and dynamic in freshwater marshes after a lock closing in early spring. Aquatic Sciences 77, 115-128.

2014
R.Mersni-Achour, N.Imbert-Auvray, V.Huet, Y.Ben Cheikh, N.Faury, I.Doghri, S .Rouatbi, S.Bordenave, M.A.Travers, D.Saulnier, I.Fruitier-Arnaudin,. First description of French V.tubiashii strains pathogenic to mollusk : Characterization of properties of the proteolytic fraction of extracellular products. Journal of Invertebrate Pathology 123, 49-59

Communications orales

2015
AFC (19ème congrès annuel de l'Association Française de Cytométrie), Antibes : Effet des bactéries sur la croissance et la composition biochimique de deux diatomées benthiques (Halamphora coffeaeformis et Entomoneis paludosa) en culture.

Romanian Association of Cytometry, Bucharest : Flow cytometry in marine biology : Enumeration of heterotrophic prokaryotes in coastal sediment

2012
AFC (XVIe Congress of the French Association of Cytometry), Toulouse, France. « Le Flowcam : une nouvelle méthode pour étudier les communautés microplanctoniques (Invited talk)

Conférences associées et présentation de posters

2015
Lavergne C., Agogué H., Dupuy C. Diversité fonctionnelle des procaryotes liés au cycle de l'azote dans un écosystème vaseux : influence des cycles journalier et tidal : VIIème congrès AFEM (Association Francophone d'Ecologie Microbienne) à Anglet (oral).

Lavergne C., Hugoni M., Dupuy C., Debroas D., Agogué H. Active prokaryotic community structure during day and night emersion in coastal muddy sediments : ASLO (American Society of Limnology and Oceanography) à Grenade (Espagne) (oral).

2014
Lavergne C., Hugoni M., Dupuy C., Agogué H. (Septembre 2014). Active nitrogen-related prokaryotic communities shift in intertidal muddy sediments, a mesocosm study : 19ème meeting ENC (European Nitrogen Cycle) à Ghent (Belgique) (oral).

33ème Colloque de l'Association des Diatomistes de Langue Française (ADLaF), Clermont-Ferrand, France. Etude des interactions entre les diatomées benthiques (Amphora coffeaeformis et Entomoneis paludosa) et les bactéries associées. T.Jauffrais, M.P.Gemin, L.Beaugeard, H.Agogué, V.M.Jézéquel (Poster et Oral)

2013
Lavergne C., Agogué H., Dupuy C. Rôle des communautés procaryotes liées au cycle de l'azote dans une vasière intertidale du littoral Atlantique : étude saisonnière et structuration verticale » : congrès AFEM (Association Francophone d'Ecologie Microbienne) à Clermont-Ferrand (oral).

2012
AFC (XVIe Congress of the French Association of Cytometry), Toulouse, France. « Optimisation du protocole de comptage des procaryotes des sédiments marins en cytomètrie en flux » L.Beaugeard, C.Lavergne, H.Agogué, C.Dupuy. C.Courties

22nd International Diatom symposium, Ghent, Belgium. “Influence of the light climate (quantityand quality) on the coupling between migration, photosynthesis and cell division in microphytobenthic diatoms” A. Barnett, V. Meleder, L. Beaugeard, H. Agogué, C. Dupuy and J. Lavaud (Poster)

ISAC (XXVIIe Congress of the International Society for Advancement of Cytometry), Leipzig, Germany. “Improvement of Protocols for Counting Prokaryotes from Marine Sediment in Flow Cytometry by Multivariable Optimizations”. (Poster)

ISAC (XXVIIe Congress of the International Society for Advancement of Cytometry), Leipzig, Germany. “The Flowcam : A Methodology for Studying the Microplanktonic Community”. (Poster)

ISME 14 (14th International Symposium on Microbial Ecology), Copenhagen, Denmark. “The FlowCAM, a tool for studying the planktonic protistan communities : diversity, abundance, growth and grazing rate”. C. Dupuy, J. Gong, X. Zhang, H. Agogué and L. Beaugeard. (Poster)

ISME 14 (14th International Symposium on Microbial Ecology), Copenhagen, Denmark. “N-related prokaryotic communities : diversity among depth gradient in an Atlantic intertidal mudflat”. C. Lavergne, H. Agogué, L. Beaugeard and C. Dupuy. (Poster)

2011
5th European Phycology Congress, Rhodes Island, Greece. “Coupling between the cell cycle and the vertical migration in intertidal mudflat microphytobenthos (MPB)”. A. Barnett, L. Beaugeard, C. Courties, V. Martin-Jézéquel, H. Agogué, J. Lavaud et al. (Poster)

LOICZ Open Science Conference, Yantai, Chine. « The flowcam : a methodology for studying the nano-microplanktonic communities”. Dupuy C., Artero C., Beaugard L., Bouvy M., Charpy L., David V., Tortajada S.

Services

Thierry Guyot — 2018-08-27T12:53:21Z

Services
La plateforme ACOA est ouverte (sous conditions, cf règlement et charte) à toutes les équipes des structures de recherches rattachées à l'Université de La Rochelle (ULR).

Il est indispensable de réserver les appareillages de la plateforme (cytomètre FACS CantoII et FlowCAM) dû à une forte activité à certaines périodes (projets,stages,…). Il suffit de réserver sur l'intranet de l'ULR. Cytomètre et FlowCAM

Règlement

Charte

Equipements

Thierry Guyot — 2018-08-27T12:52:52Z

* Cytomètre en flux FACS CantoII (BD Biosciences, Belgique) équipé de 3 lasers : bleu, rouge et violet.
– Quantification et caractérisation des virus de l'environnement (eau, sédiment)
– Quantification et caractérisation des procaryotes (eau, sédiment)
– Quantification et caractérisation du nano/picoplancton <10μm
– Quantification et caractérisation des activités de cellules eucaryotes

* Cytomètre en flux à imagerie FlowCAM (Fluid Imaging, Etats-Unis) équipé d'un laser vert et d'une caméra
– Quantification et caractérisation d'organismes planctoniques de taille supérieure à 15μm de l'environnement
– Quantification et caractérisation d'autres organismes de taille >15μm de type parasites, champignons,…

Une description détaillée des équipements disponibles et de leurs performances est précisée dans l'annexe 1.

Activités

Thierry Guyot — 2018-08-27T12:49:17Z

La plateforme ACOA a été développée afin de permettre aux chercheurs de LIENSs (microbiologistes, biochimistes, toxicologistes et écologues) d'analyser virus, bactéries, phytoplancton, zooplancton et cellules animales.
Ces méthodes permettent de compter les cellules présentes dans un échantillon en les caractérisant individuellement selon leur taille, leur complexité ainsi que leur fluorescence naturelle (chlorophylle, phycoérythrine…) ou induite (marqueurs ADN…). Dans notre unité, ces méthodes sont par exemple utilisées pour suivre les variations, selon les saisons, des populations de microorganismes planctoniques.

La plateforme ACOA a pour but de développer des protocoles standardisés en cytométrie en flux. Elle a pour rôle d'offrir des appareils de qualité, d'accompagner les chercheurs dans leurs analyses et leurs projets et de former les utilisateurs.

Poster de présentation de la plateforme

Marais de l'Houmeau

Tiffany Diague — 2018-07-03T07:22:52Z

Le marais de L'Houmeau est sous la responsabilité de l'UMR LIENSs. Il est la propriété du CNRS.
Situé sur la commune de L'Houmeau, il se trouve à côté de bassins ostréicoles et de 2 deux bras de mer.

Le marais a une surface totale de 7 hectares. Il est réparti sur une zone avec des bassins de terre et des bâtiments, et une zone immergeable par toutes les marées hautes.
Tous ces bassins sont alimentés directement par l'eau de mer.
C'est un marais expérimental qui existe depuis 1985 et où de multiples expériences très variées ont eu lieu : élevages de crevettes impériales, de palourdes, et d'huîtres ; expériences sur les bars et mulets dans différents milieux par exemple.

Le marais comporte 8 bassins identiques mesurant 200m², un bassin de 500m², un bassin en béton, 6 autres bassins de 100m² à 4000m² et une grande réserve d'eau. Ils ont une profondeur variable de 60 cm à 1,40 m, avec une moyenne de 90 cm.
A l'intérieur du bâtiment se trouvent un petit laboratoire, une salle avec 2 mésocosmes de 4 m de long et des bacs, un lieu de stockage et un atelier. Il est possible de faire des manipulations à l'intérieur et à l'extérieur du bâtiment ainsi que dans les bassins. Il est alimenté en eau de mer et eau douce sous forme d'eau de pluie.
On peut y faire des répliqua de manip dans les bassins extérieurs et dans les 2 mésocosmes, des cycles de marées, et des renouvellements d'eau en continu. Par ailleurs, l'utilisation d'une serre peut être possible pour la culture d'algues par exemple.
Différentes collaborations ont eu lieu avec des équipes du Cedre de Brest, le CNRS de L'Houmeau et de La Rochelle, l'IFREMER de L'Houmeau et de la Tremblade, l'Université de la Rochelle, et l'Université de Brest.