LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs) - UMR 7266

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Mauger Stéphane

Ingénieur d’Études
CNRS

Mots clés : Terrain, Bio-informatique, Marqueurs moléculaire, Microsatellites, SNP’s, Identification d’espèces, Assignation de parenté, QTL’s, Diversité génétique, Génétique/Génomique des populations.

Fonction : Ingénieur d’études en techniques d’écologie moléculaire et de génomique des populations
Fonction particulière : Sauveteur Secouriste du Travail
Plateau technique de rattachement : Plateforme Biologie Moléculaire

Avant l’intégration au LIENSs :

2008 - 2023 : Ingénieur d’Études en Biologie moléculaire au CNRS, Station Biologique de Roscoff (29)
IRL 3614 - Evolutionary Biology and Ecology of Algae, Etude de la structure génétique et phylogéographique de macro algues marines. Recherche de QTLs, cartographie génétique, caractérisation moléculaire des ressources génétiques.

2007 - 2008 : Technicien en Biologie moléculaire à l’INRA, Ploudaniel (29)
Laboratoire Amélioration des Plantes et Biotechnologies Végétales – Équipe Pomme de terre. Recherche de QTLs, cartographie génétique. Caractérisation moléculaire des ressources génétiques (pomme de terre).

1999 - 2007 : Technicien en Biologie moléculaire à l’INRA, Jouy-en-Josas (78)
Laboratoire Génétique des Poissons – Équipe Amélioration Génétique. Recherche de QTLs, cartographie génétique, assignation de parenté (truite, bars, carpe), entretien de souche (truite).

1997 - 1999 : Technicien en Biologie moléculaire à l’INRA, Jouy-en-Josas (78)
Laboratoire Génétique Microbienne – Équipe Analyses des Génomes. Séquençage du génome d’une bactérie lactique (Lactococcus lactis).

Nouvellement arrivé dans l’Unité, je souhaite mettre à profit mes 25 années d’expérience en Biologie Moléculaire au service des équipes du LIENSs. Mes domaines d’expertises sont l’assignation de parenté, l’identification d’espèces, la génétique et la génomique des populations à l’aide de marqueurs moléculaire de type microsatellites et SNP’s.

Liste des publications :

48 résultats

2024

Article dans une revue

Temporal genomics help in deciphering neutral and adaptive patterns in the contemporary evolution of kelp populations
Lauric Reynes , Louise Fouqueau , D. Aurelle , Stéphane Mauger , Christophe Destombe , Myriam Valero
Journal of Evolutionary Biology, 2024, ⟨10.1093/jeb/voae048⟩
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2023

Article dans une revue

The Rhodoexplorer Platform for Red Algal Genomics and Whole-Genome Assemblies for Several Gracilaria Species
Agnieszka P Lipinska , Stacy A Krueger-Hadfield , Olivier Godfroy , Simon M Dittami , Lígia Ayres-Ostrock , Guido Bonthond , Loraine Brillet-Guéguen , Susana Coelho , Erwan Corre , Guillaume Cossard , Christophe Destombe , Paul Epperlein , Sylvain Faugeron , Elizabeth Ficko-Blean , Jessica Beltrán , Emma Lavaut , Arthur Le Bars , Fabiana Marchi , Stéphane Mauger , Gurvan Michel , Philippe Potin , Delphine Scornet , Erik E Sotka , Florian Weinberger , Mariana Cabral de Oliveira , Marie-Laure Guillemin , Estela M Plastino , Myriam Valero
Genome Biology and Evolution, 2023, 15 (7), pp.evad124. ⟨10.1093/gbe/evad124⟩
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Workflow for SNP genotyping using the Hi-Plex method v2
Anne-Laure Besnard , Anne- Laure Besnard , Daniel J Park , Bernard J Pope , Fleur Hammet , Sophie Michon- Coudouel , Marine Biget , Stacy A Krueger-Hadfield , Stéphane Mauger , Eric J Petit
protocols.io, 2023, ⟨10.17504/protocols.io.8epv5jnnnl1b/v2⟩
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Genetic resources of macroalgae: Development of an efficient method using microsatellite markers in non-model organisms
Stéphane Mauger , Aurélien Baud , Gildas Le Corguillé , Gwenn Tanguy , Erwan Legeay , Emeline Creis , Myriam Valero , Philippe Potin , Christophe Destombe
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2023, 75, pp.103251. ⟨10.1016/j.algal.2023.103251⟩
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2022

Article dans une revue

Pre‐domestication bottlenecks of the cultivated seaweed gracilaria chilensis
Oscar R Huanel , Suany Quesada-Calderón , Cristian Ríos , Sarai Morales-González , Pablo Saenz‐agudelo , Wendy A Nelson , Natalia Arakaki , Stéphane Mauger , Sylvain Faugeron , Marie‐laure Guillemin
Molecular Ecology, In press, ⟨10.1111/mec.16672⟩
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2021

Article dans une revue

Population Genomics and Lagrangian Modeling Shed Light on Dispersal Events in the Mediterranean Endemic Ericaria zosteroides (=Cystoseira zosteroides) (Fucales)
Lauric Reynes , Didier Aurelle , Cristele Chevalier , Christel Pinazo , Myriam Valero , Stéphane Mauger , Stéphane Sartoretto , A. Blanfuné , Sandrine Ruitton , Charles F. Boudouresque , Marc Verlaque , Thierry Thibaut
Frontiers in Marine Science, 2021, 8, ⟨10.3389/fmars.2021.683528⟩
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Genomic signatures of clonality in the deep water kelp Laminaria rodriguezii Genomic signatures of clonality
Lauric Reynes , Thierry Thibaut , Stéphane Mauger , Aurelie Blanfuné , Florian Holon , Corinne Cruaud , Arnaud Couloux , Myriam Valero , Didier Aurelle
Molecular Ecology, 2021, ⟨10.1111/mec.15860⟩
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Development of tools to rapidly identify cryptic species and characterize their genetic diversity in different European kelp species
Stéphane Mauger , Louise Fouqueau , Komlan Avia , Lauric Reynes , Ester A Serrao , João Neiva , Myriam Valero
Journal of Applied Phycology, 2021, 33 (6), pp.4169 - 4186. ⟨10.1007/s10811-021-02613-x⟩
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2020

Article dans une revue

Seascape Genomics of the Sugar Kelp Saccharina latissima Along the North Eastern Atlantic Latitudinal Gradient
Jaromir Guzinski , Paolo Ruggeri , Marion Ballenghien , Stéphane Mauger , Bertrand Jacquemin , Chloe Jollivet , Jérôme Coudret , Lucie Jaugeon , Christophe Destombe , Myriam Valero
Genes, 2020, 11 (12), pp.1503. ⟨10.3390/genes11121503⟩
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After a catastrophe, a little bit of sex is better than nothing: Genetic consequences of a major earthquake on asexual and sexual populations
Ronan Becheler , Marie-Laure Guillemin , Solenn Stoeckel , Stéphane Mauger , Alice Saunier , Antonio Brante , Christophe Destombe , Myriam Valero
Evolutionary Applications, 2020, 13 (8), pp.2086- 2100. ⟨10.1111/EVA.12967⟩
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Genetic structure of amphi-Atlantic Laminaria digitata (Laminariales, Phaeophyceae) reveals a unique range-edge gene pool and suggests post- glacial colonization of the NW Atlantic
João Neiva , Ester A Serrão , Cristina Paulino , Licinia Gouveia , Andrew Want , Éric Tamigneaux , Marion Ballenghien , Stéphane Mauger , Louise Fouqueau , Carolyn Engel-Gautier , Christophe Destombe , Myriam Valero
European Journal of Phycology, 2020, pp.1-12. ⟨10.1080/09670262.2020.1750058⟩
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Genetic diversity of a marine foundation species, Laminaria hyperborea (Gunnerus) Foslie, along the coast of Ireland
Kathryn M Schoenrock , Aisha M O'Connor , Stéphane Mauger , Myriam Valero , João Neiva , Ester A. Serrao , Stacy A Krueger-Hadfield
European Journal of Phycology, In press, ⟨10.1080/09670262.2020.1724338⟩
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COMPARATIVE PHYLOGEOGRAPHY OF TWO AGAROPHYTON SPECIES IN THE NEW ZEALAND ARCHIPELAGO
Oscar R Huanel , Wendy A Nelson , Vanessa Robitzch , Stéphane Mauger , Sylvain Faugeron , Maren Preuss , Giuseppe Zuccarello , Marie-Laure Guillemin
Journal of Phycology, In press, ⟨10.1111/jpy.13046⟩
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Better off alone? Compared performance of monoclonal and polyclonal stands of a cultivated red alga growth
José Luis Kappes , Marie Laure Guillemin , Sara Usandizaga , Alejandro H Buschmann , Carolina Camus , Sophie Arnaud-Haond , Stéphane Mauger , Myriam Valero
Evolutionary Applications, In press, ⟨10.1111/eva.12908⟩
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2019

Article dans une revue

Stranded alone: The first reported Peruvian population of Agarophyton chilensis is a single-male's clone
Vanessa Robitzch , Natalia Arakaki , Stéphane Mauger , José Carlos Zapata Rojas , Marie-Laure Guillemin
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2019, 41 (Août 2019), pp.101527. ⟨10.1016/j.algal.2019.101527⟩
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Dual influence of terrestrial and marine historical processes on the phylogeography of the Brazilian intertidal red alga Gracilaria caudata
Lígia Ayres-Ostrock , Myriam Valero , Stéphane Mauger , Mariana C Oliveira , Estela M Plastino , Marie-Laure Guillemin , Christophe Destombe
European Journal of Phycology, In press, ⟨10.1111/jpy.12892⟩
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Genetic variability and transgenerational regulation of investment in sex in the monogonont rotifer Brachionus plicatilis
Océane Seudre , Eloïse Vanhoenacker , Stéphane Mauger , Jérôme Coudret , Denis Roze
Journal of Evolutionary Biology, In press, ⟨10.1111/jeb.13554⟩
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Communication dans un congrès

Genetic Tools For The Development Of Improved Cultivars Of Saccharina latissima
Zofia Nehr , Komlan Avia , Stéphane Mauger , Bertrand Jacquemin , Émilie Gouhier , Delphine Scornet , Jérôme Coudret , Stéphane Loisel , Susana M. Coelho , Christophe Destombe , Myriam Valero , J. Mark Cock
23rd International Seaweed Symposium, Apr 2019, Jeju, North Korea
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GENetic diversity exploitation of Saccharina latissima for Innovative macro-ALGal biorefinery in Europe
Philippe Potin , Zofia Nehr , Paolo Ruggeri , Komlan Avia , Stéphane Mauger , Bertrand Jacquemin , Émilie Gouhier , Delphine Scornet , Jérôme Coudret , Stéphane Loisel , Susana M. Coelho , Christophe Destombe , Myriam Valero , J. Mark Cock
23rd International Seaweed Symposium, Apr 2019, Jeju, South Korea
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2017

Article dans une revue

High-density genetic map and identification of QTLs for responses to temperature and salinity stresses in the model brown alga Ectocarpus
Komlan Avia , Susana Coelho , Gabriel J Montecinos , Alexandre Cormier , Fiona Lerck , Stéphane Mauger , Sylvain Faugeron , Myriam Valero , J. Mark Cock , Pierre Boudry
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.43241. ⟨10.1038/srep43241⟩
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Communication dans un congrès

QTL mapping in the model brown alga Ectocarpus
Komlan Avia , Susana M. Coelho , Gabriel J Montecinos , Alexandre Cormier , Fiona Lerck , Stéphane Mauger , Sylvain Faugeron , Myriam Valero , J. Mark Cock , Pierre Boudry P
8th annual meeting EFOR network, session " Genomic, evolution and adaptation", May 2017, Paris, France
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2016

Article dans une revue

Patterns of genetic diversity of the cryptogenic red alga Polysiphonia morrowii (Ceramiales, Rhodophyta) suggest multiple origins of the Atlantic populations
Alexandre Geoffroy , Christophe Destombe , Byeongseok Kim , Stéphane Mauger , Paula Raffo , Myung Sook Kim , Line Le Gall
Ecology and Evolution, 2016, ⟨10.1002/ece3.2135⟩
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Characterization of newly developed expressed sequence tag-derived microsatellite markers revealed low genetic diversity within and low connectivity between European Saccharina latissima populations
Jaromir Guzinski , Stéphane Mauger , J. Mark Cock , Myriam Valero
Journal of Applied Phycology, 2016, 28 (5), pp.3057-3070. ⟨10.1007/s10811-016-0806-7⟩
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2015

Article dans une revue

Keynote and Oral Papers
Christophe Destombe , Alexandre Geoffroy , Line Le Gall , Stéphane Mauger , Myriam Valero
European Journal of Phycology, 2015, 50 (sup1), pp.22-120. ⟨10.1080/09670262.2015.1069489⟩
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How complementary barcoding and population genetics analyses can help solve taxonomic questions at short phylogenetic distances: the example of the brown alga Pylaiella littoralis
Christophe Destombe , Alexandre Geoffroy , Line Le Gall , Stéphane Mauger , Myriam Valero
European Journal of Phycology, 2015, 50 (sup1), pp.22
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Evolution and maintenance of haploid-diploid life cycles in natural populations: the case of the marine brown alga Ectocarpus
Lucia Couceiro , Mickael Le Gac , Heather M. Hunsperger , Stéphane Mauger , Christophe Destombe , J. Mark Cock , Sophia Ahmed , Susana M Coelho , Myriam Valero , Akira F Peters
Evolution - International Journal of Organic Evolution, 2015, 69 (7), pp.1808-1822. ⟨10.1111/evo.12702⟩
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Development and characterization of microsatellite markers in two agarophyte species Gracilaria birdiae and G. caudata (Gracilariaceae, Rhodophyta) using next-generation sequencing
Ligia M. Ayres-Ostrock , Stéphane Mauger , Estela Maria Plastino , Mariana C. Oliveira , Myriam Valero , Christophe Destombe
Journal of Applied Phycology, 2015, 28 (1), pp.1573-5176. ⟨10.1007/s10811-015-0592-7⟩
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Molecular evidence for the coexistence of two sibling species in Pylaiella littoralis (Ectocarpales, Phaeophyceae) along the Brittany coast
Alexandre Geoffroy , Stéphane Mauger , Aurélien de Jode , Line Le Gall , Christophe Destombe
Journal of Phycology, 2015, 51 (3), pp.480-489 ⟨10.1111/jpy.12291⟩
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Communication dans un congrès

QTL mapping of stress related traits in Ectocarpus
Komlan Avia , Susana M. Coelho , Gabriel J Montecinos , Alexandre Cormier , Fiona Lerck , Stéphane Mauger , Sylvain Faugeron , Myriam Valero , J. Mark Cock , Pierre Boudry
5th annual meeting of the GDR MarCo « Marine Connectivity », Oct 2015, Montpellier, France
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QTL mapping of stress related traits in the model brown alga Ectocarpus sp
Komlan Avia , Susana M. Coelho , Gabriel J Montecinos , Alexandre Cormier , Fiona Lerck , Stéphane Mauger , Sylvain Faugeron , Myriam Valero , J. Mark Cock , Pierre Boudry
Journées phycologiques de la société phycologique de France, Sep 2015, Vannes, France
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2014

Article dans une revue

Alteration of Sexual Reproduction and Genetic Diversity in the Kelp Species Laminaria digitata at the Southern Limit of Its Range
Luz Valeria Oppliger , Peter von Dassow , Sarah Bouchemousse , Marine Robuchon , Myriam Valero , Juan A. Correa , Stéphane Mauger , Christophe Destombe
PLoS ONE, 2014, 9 (7), pp.e102518. ⟨10.1371/journal.pone.0102518⟩
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Contrasting genetic diversity patterns in two sister kelp species co-distributed along the coast of Brittany, France
Marine Robuchon , Line Le Gall , Stéphane Mauger , Myriam Valero
Molecular Ecology, 2014, 23 (11), pp.2669-2685. ⟨10.1111/mec.12774⟩
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Spatiotemporal changes in the genetic diversity of harmful algal blooms caused by the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum
Aliou Dia , Laure Guillou , Stéphane Mauger , Estelle Bigeard , Dominique Marie , Myriam Valero , Christophe Destombe
Molecular Ecology, 2014, 23 (3), pp.549-560. ⟨10.1111/mec.12617⟩
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Communication dans un congrès

Comparaison des patrons de diversité génétique entre deux espèces soeurs de laminaires le long du littoral breton
Marine Robuchon , Line Le Gall , Stéphane Mauger , Myriam Valero
Quatrième réunion du GDR MarCo, Jun 2014, Sète, France
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2013

Article dans une revue

Resistance to a Rhabdovirus (VHSV) in Rainbow Trout: Identification of a Major QTL Related to Innate Mechanisms
Eloi R Verrier , Michel Dorson , Stéphane Mauger , Corinne Torhy , Céline Ciobotaru , Caroline Hervet , Nicolas Dechamp , Carine Genet , Pierre Boudinot , Edwige Quillet
PLoS ONE, 2013, 8 (2), pp.e55302. ⟨10.1371/journal.pone.0055302⟩
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Evidences for the existence of two cryptic species in the Pylaiella littoralis complex(Ectocarpales, Phaeophyceae)
Christophe Destombe , Alexandre Geoffroy , Stéphane Mauger , Line Le Gall , Myriam Valero
Phycologia, 2013, 52 (Issue sup4), pp.24-25
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2012

Article dans une revue

A Simple and Cost-Effective Method to Synthesize an Internal Size Standard Amenable to Use with a 5-Dye System
Stéphane Mauger , L Couceiro , M Valero
Prime Research on Biotechnology (PRB), 2012, 2 (3), pp.40-46
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Communication dans un congrès

Gynogenetic clonal lines of rainbow trout[i] O. mykiss[/i], a model for the identification of new antiviral pathways
Eloi Verrier , Michel Dorson , Christelle Langevin , Nicolas Dechamp , Corinne Torhy , Stéphane Mauger , Sandrine Le Guillou , Céline Ciobotaru , Carine Genet , Pierre Boudinot , Edwige Quillet
11th Annual Meeting of the Complex Trait Community, Jun 2012, Paris, France
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2011

Article dans une revue

MICROSATELLITE DEVELOPMENT IN RHODOPHYTA USING HIGH-THROUGHPUT SEQUENCE DATA
Lucía Couceiro , Isabel Maneiro , Stéphane Mauger , Myriam Valero , José Miguel Ruiz , Rodolfo Barreiro
Journal of Phycology, 2011, 47 (6), pp.1258-1265. ⟨10.1111/j.1529-8817.2011.01075.x⟩
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Using genetic tools for sustainable management of kelps: a literature review and the example of Laminaria digitata
Myriam Valero , Christophe Destombe , Stéphane Mauger , Cecile Ribout , Carolyn R. Engel , Claire Daguin-Thiébaut , Florence Tellier
Cahiers de Biologie Marine, 2011, 52 (4, SI), pp.467-483
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2010

Article dans une revue

Side effects of sexual maturation on heritability estimates in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
Mathilde Dupont-Nivet , Bernard Chevassus-Au-Louis , Stéphane Mauger , Pierrick Haffray , Marc Vandeputte
Aquaculture Research, 2010, 41 (11), pp.e878-e880. ⟨10.1111/j.1365-2109.2009.02448.x⟩
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2008

Article dans une revue

Genetic variation for growth at one and two summers of age in the common carp (Cyprinus carpio L.): Heritability estimates and response to selection
Marc Vandeputte , Martin Kocour , Stéphane Mauger , Marek Rodina , Amandine Launay , David Gela , Mathilde Dupont-Nivet , Martin Hulak , Otomar Linhart
Aquaculture, 2008, 277 (1-2), pp.7-13. ⟨10.1016/j.aquaculture.2008.02.009⟩
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Communication dans un congrès

Analyse génétique de la résistance à un rhabdovirus chez la truite arc-en-ciel
Edwige Quillet , Carine Genet , Francine Krieg , Amandine Launay , Sandrine Le Guillou , Stéphane Mauger , Kamila Canale-Tabet , Pierre Boudinot , Patrick Prunet
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
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2007

Article dans une revue

Heritability estimates for processing and quality traits in common carp (Cyprinus carpio L.) using a molecular pedigree
Martin Kocour , Stéphane Mauger , Marek Rodina , David Gela , Otomar Linhart , Marc Vandeputte
Aquaculture, 2007, 270 (1-4), pp.43-50. ⟨10.1016/j.aquaculture.2007.03.001⟩
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2006

Article dans une revue

A Type I and Type II microsatellite linkage map of Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) with presumptive coverage of all chromosome arms
René Guyomard , Stéphane Mauger , Kamila Tabet-Canale , Sylvain Martineau , Carine Genet , Francine Krieg , Edwige Quillet
BMC Genomics, 2006, 7 (1), pp.302. ⟨10.1186/1471-2164-7-302⟩
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2004

Article dans une revue

Heritability estimates for growth-related traits using microsatellite parentage assignment in juvenile common carp (Cyprinus carpio L.)
Marc Vandeputte , Martin Kocour , Stéphane Mauger , Mathilde Dupont-Nivet , Daphné de Guerry , Marek Rodina , David Gela , Dominique Vallod , Bernard Chevassus , Otomar Linhart
Aquaculture, 2004, 235 (1-4), pp.223-236. ⟨10.1016/j.aquaculture.2003.12.019⟩
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2001

Article dans une revue

The Complete Genome Sequence of the Lactic Acid Bacterium Lactococcus lactis ssp. lactis IL1403
Alexander Bolotin , Patrick Wincker , Stéphane Mauger , Olivier Jaillon , Karine Malarme , Jean Weissenbach , S Dusko Ehrlich , Alexei Sorokin
Genome Research, 2001, 11 (5), pp.731-753. ⟨10.1101/gr.gr-1697r⟩
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1999

Article dans une revue

Low-redundancy sequencing of the entire Lactococcus lactis IL1403 genome.
Alexander Bolotin , Stéphane Mauger , Karine Malarme , S. Dusko Ehrlich , Alexei Sorokin
Antonie van Leeuwenhoek, 1999, 76 (1-4), pp.27-76. ⟨10.1023/a:1002048720611⟩
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