LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs) - UMR 7266

La contamination microbiologique des eaux de baignade par des bactéries d’origine fécale est problématique lorsqu’elle atteint des zones sensibles où s’exercent des activités humaines. Ainsi les réglementations européennes (2006/7/CE) préconisent un suivi de la qualité des eaux de baignade en période estivale. Depuis plus d’une vingtaine d’années, de nombreuses études ont été réalisées sur la qualité de l’eau de baignade de la baie d’Aytré. Ces dernières ont montré qu’il existe un bruit de fond très marqué de germes fécaux (entérocoques et Escherichia coli) qui s’accompagne en période estivale de l’apparition de pics et entraine des interdictions à la baignade. Cependant, toutes les études effectuées ne sont pas parvenues à déterminer de façon effective l’origine de cette contamination. Ainsi, en accord avec les réglementations européennes sur les eaux de baignade qui recommande d’interdire toute baignade dans une plage après 5 années consécutives de mauvais résultats d’analyse, la plage d’Aytré est interdite à la baignade depuis l’été 2017.
C’est dans ce contexte que ce projet de thèse a été mis en place pour identifier l’origine de la contamination fécale dans les eaux de baignade de la plage d’Aytré par l’utilisation, entre autre, de la spectrométrie de masse MALDI-TOF. Cette technique permet en effet d’identifier les souches bactériennes d’origine humaine vs animale voire de discriminer les souches bactériennes chez des groupes taxonomiques différents (exemple des Laridées et des Limicoles chez les oiseaux). L’analyse de certaines substances chimiques caractéristiques d’une contamination fécale comme les stanols sera également effectuée pour confirmer l’origine des germes fécaux. En outre, des suivis en mésocosmes seront réalisés pour vérifier l’hypothèse de la naturalisation des germes fécaux dans le sédiment de la baie. La naturalisation est l’aptitude des bactéries à se développer et s’adapter à des facteurs environnementaux différents des paramètres physiques de leur milieu naturel de croissance. Ainsi, un suivi annuel in situ des communautés bactériennes sera effectué pour analyser la capacité des bactéries fécales (E. coli et entérocoques) à se sédimenter dans la vase et à se remettre en suspension en fonction des cycles de marées et des paramètres environnementaux de la baie d’Aytré. Parallèlement, une enquête sur la perception de la contamination par les populations et sur l’adaptation des activités humaines face à cette problématique sera menée.