Microorganismes du Littoral
Les scientifiques mobilisés sur cet axe transversal abordent les microorganismes du Littoral (virus, procaryotes, protistes et micro-méso métazoaires planctoniques et benthiques) avec différentes approches : physiologie, molécules, diversité d’espèces, mécanismes moléculaires et fonctionnels, interactions et fonctionnement de l’écosystème.
Mots clé :
vasière intertidale- exopolysaccharides- diversité bactérienne- adhésion - quorum-sensing -structuration
Objectifs :
1/ Caractériser la diversité structurale des espèces procaryotes présentes dans le biofilm des vasières intertidales, d’une part par isolement, caractérisation biochimique et phylogénie d’espèces cultivables (bactéries chimiohétérotrophes) et d’autre part par la réalisation d’empreintes génétiques (TTGE) du métagénome bactérien et archéen (ADNr16S) du biofilm benthique, avec identification des espèces dominantes.
2/ Etudier le déterminisme moléculaire de la structuration du biofilm par (i) la caractérisation des exopolysaccharides (EPS), par (ii) l’étude des propriétés des surfaces des EPS des diatomées et des bactéries isolées, par (iii) la mise en évidence de molécules impliquées dans la communication cellulaire micro-algale et bactérienne et par (iv) l’étude de la diversité fonctionnelle des procaryotes (gènes métaboliques).